电子与信息工程学院成立于1998年6月。
  为适应形势发展需要,推动管理体制改革,促进信息学科发展,1998年4月,同济大学决定组建电子与信息工程学院。
  6月,电子与信息工程学院成立。学院下设电气工程系(原同济大学电气工程系)、计算机科学与工程系、计算中心、CAD研究中心和CIMS研究中心。
  2000年4月,同济大学与上海铁道大学合并。上海铁道大学电气工程系、计算机科学与技术系、电信系(部分)并入同济大学电子与信息工程学院。同时,上海铁道大学电气工程系保留原名称;上海铁道大学电信系(部分)与同济大学的电气工程系合并同时更名为信息与控制工程系;上海铁道大学计算机科学与技术系与同济大学计算机科学与工程系合并为计算机科学与工程系。
  合并以后,电子与信息工程学院下设电气工程系、信息与控制工程系、计算机科学与工程系、教育技术与计算中心、CAD研究中心和CIMS研究中心。
  2000年6月,同济大学半导体与信息技术研究所成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2000年10月,同济大学信息安全技术研究中心成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2001年10月,教育技术与计算中心从学院划出。
  2002年3月,同济大学网络化系统研究所成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2002年10月,信息与控制工程系进行重组,分别组建了控制科学与工程系、信息与通信工程系、电子科学与技术系三个单位。
  2002年10月,学院将所属院、系的实验室进行整合,成立了学院实验中心。
  2002年10月,原计算机科学与工程系更名为计算机科学与技术系。
  2002年10月,国家高性能计算机工程技术研究中心同济分中心成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2003年12月,同济大学基础软件工程中心成立,挂靠电子与信息工程学院。
  经过建院初期及并校后对学科专业的全面整合,实现了按照所覆盖的五个一级学科设系的管理模式。
  2004年9月,同济大学基础软件中心成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2004年10月,CST―同济大学现代集成电磁仿真研发中心成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2005年5月,同济大学网格技术研究中心成立,挂靠电子与信息工程学院。
  2006年8月,同济大学“企业数字化技术教育部工程研究中心”成立,挂靠电子与信息工程学院。
  目前学院下设电气工程系、电子科学与技术系、信息与通信工程系、控制科学与工程系、计算机科学与技术系等5个系和实验中心、CAD研究中心、CIMS研究中心3个中心。挂靠的单位有国家高性能计算机工程技术研究中心同济分中心、网格技术研究中心、基础软件中心、现代集成电磁仿真研发中心、半导体与信息技术研究所、网络化系统研究所、信息安全技术研究中心等7个中心、研究所。