2018年11月3日—11月4日，应我院黄德双教授的邀请，清华大学曾坚阳研究员、兰州大学胡斌教授、华中科技大学黄胜友教授、清华大学蓝勋研究员、上海交通大学涂仕奎研究员、中国科学院数学与系统科学研究院王勇研究员、上海第十人民医院徐辉雄教授、中科院新疆理化技术研究所尤著宏研究员、清华大学张强锋教授、复旦大学张彦春教授、同济大学张勇教授应邀来到我院作学术报告，这也是计算机科学与技术系第132期智信讲坛的内容。
曾坚阳研究员的报告题目为“用于建模三维染色体结构的机器学习算法”，他对报告做了简单介绍：解码染色体的空间组织对研究真核生物基因调控具有至关重要的意义，并开发了一种新的流形学习为基础的框架，叫基于构象能和多方面的学习基因组组织重构，通过与生物物理可行性集成的Hi-C数据来重建染色体的三维组织。胡斌教授的报告题目为“心理生理计算”， 并对其报告做了简单介绍：心理生理学是研究心理或行为如何与生理学的变化相互作用，为医学心理学的心身中介机制提供了许多基本理论依据，是医学心理学重点基础分支学科之一。通过将情绪活动等心理变化作为自变量,将人体各项生理反应作为因变量,提高心理学研究的可操作性和可测量性,并进一步实现从生理数据来揭示心理活动的特点和规律,最终推断出人的心理状态或精神状态。黄胜友教授的报告题目为“基于分子对接的复合物结构预测和打分函数优化”，并对其报告做了简单介绍：蛋白质和核酸是构成生命体两类最重要的生物大分子，生命体的许多活动都由其相互作用来完成，同时，这些生物大分子相互作用又受配体如有机小分子和离子等的调控，组成生命体中复杂的分子间相互作用网络，共同完成生命中的各项活动。序列决定结构，结构决定功能，生命活动中通过分子间相互作用所行使的功能都由其相互作用复合物结构决定，因此，确定生命体中分子间的相互作用及其复合物结构，对于理解其相互作用机制和揭示疾病的发生发展机理，从而通过对其调控来治疗疾病和开发药物有着重要的理论意义和社会价值。蓝勋研究员的报告题目为“基因组预测患者对免疫疗法的反应”，并对其报告做了简单介绍：免疫疗法的出现为癌症的治疗提供了曙光，并给患者带来了令人鼓舞的临床益处。然而，由于肿瘤和微环境的异质性高，免疫治疗的疗效在很大程度上取决于患者的特异性。仍然是一个严重的挑战是确定免疫治疗后患者生存的预测因子。我们在TCGA数据库中对33种癌症类型的转录组数据进行了转换，以解释由非同义突变引起的基因功能的减少，以及消除免疫细胞比例对基因活性的混杂作用。结合接受免疫治疗的患者的临床资料，我们发现四种免疫相关途径富含基因，其表达与免疫治疗后患者生存率显著相关。涂仕奎研究员的报告题目为“联合单核苷酸变异分析和微小核糖核酸调节的计算方法”，并对其报告做了简单介绍：大数据已经被广泛地生成测量各种水平的生物系统，得益于进步和测序技术降低成本。此外，所述生物数据是非常嘈杂和异质的，这使得计算分析甚至更具挑战性。我们的实验室一直致力于开发用于生物医疗信息的计算方法。在这次讲座中，我们将首先专注于联合个单核苷酸变异分析方法来解决“失踪遗传”的问题，强调了共同的基因变异可以解释性状和疾病，然后计算方法来了解更多的遗传生物发生和了微小核糖核酸调节机制，通过集成多样高通量测序数据。王勇研究员的报告题目为“数据降维的无监督特征选择模型”，并对其报告做了简单介绍：构建将数据维数降低、利于进一步处理、可视化和理解信息的数学模型，已成为各科学领域面对的一个共同问题。该问题在人工智能和机器学习领域也被称为特征选择，是一个根据一定的评估准则最优地从初始高维特征集合中选出低维特征集合的过程。我们将介绍我们最近在无监督特征选择的一些进展,重点介绍同时最大化保持数据拓扑结构和最小化特征数目的多目标优化模型，以及用线性规划来近似混合整数规划获得高效的求解算法。徐辉雄教授的报告题目为“高灵敏超声成像及诊疗一体化”，并对其报告做了简单介绍：超声是目前临床应用最广泛的影像学检查方法之一。它适用人群多，学科覆盖面广。同时是学科交叉的热点，是当前研究的前沿领域。但长久以来存在的问题是：分辨率低，仅作为筛查手段使用。针对以上问题，近年来我们在临床上围绕一个核心，采取六大举措，推动了超声诊疗模式变革和结构转型一个核心就是扎扎实实提高临床水平，六大举措就是介入化， 精准化，功能化，分子化，高频化，智能化。第一大举措是介入化，使超声从一个单纯的诊断工具向诊疗一体化转型。尤著宏研究员的报告题目为“生物信息大数据分析、挖掘及应用研究”，并对其报告做了简单介绍：拟结合我从事数据挖掘、大数据分析及生物信息学领域工作的理论与实践经验，介绍大数据的概念、生物大数据的来源、主要应用场景、及本人实验室的研究进展阐述了生物大数据时代背景下生物信息学理论算法和应用实践。张强锋教授的报告题目为“RNA结构组学与计算”，并对其报告做了简单介绍：我们实验室在过去的几年时间里在RNA结构组几个方面的研究进展：1、新的实验技术；2、新的计算方法。3、核糖核酸结构和功能关系方面进行的探索，了解核糖核酸结构在不同系统中，特别是体内基因表达调控、发育和进化，免疫反应、神经系统生成和调控以及疾病中的作用。张彦春教授的报告题目为“智慧医疗：医学大数据挖掘及人工智能在病人监测预警及健康管理的创新应用”，并对其报告做了简单介绍：将从全生命周期健康管理的角度出发，探讨生命各阶段的健康分析，人体和疾病各因素之间的关系。 通过实例介绍基于医学数据的数据集成, 数据挖掘， 数据关联分析及病人监测，分析预警。 应用场景将包括孕期与婴幼儿，老年健康，手术重症，精神健康，医学图像分析,肿瘤监测等应用。同学们对这一报告充满了兴趣，并有同学表示以后会尝试做这方面的研究工作。张勇教授的报告题目为“遗传的表观遗传特征引起早期胚胎发育过程中合子转录调控的建立”，并对其报告做了简单介绍：建立了沿着细胞分裂过程的脱氧核糖核酸甲基化水平变化的概率模型，并将该模型应用于与合子转录调控的建立相关的两个问题。在本次讲座的第一部分中，我将讨论遗传性不对称性对小鼠植入前胚胎中脱氧核糖核酸甲基化依赖性印记的贡献。同学们对专家们的报告充满了兴趣，并有同学表示以后会尝试做这方面的研究工作。
曾坚阳，清华大学交叉信息研究院，研究员，博士生导师。于1999年和2002年分别获得浙江大学的学士和硕士学位。2011年，在美国杜克大学获得计算机科学博士学位。2011年至2012年期间，在杜克医学院从事博士后研究。目前主要研究方向包括计算生物学、机器学习和大规模数据分析。已在国际核心期刊和会议上发表论文50余篇。
胡斌，973首席科学家，国务院特殊津贴专家，甘肃省领军人才，甘肃省政协委员；现任兰州大学信息科学与工程学院院长，瑞士苏黎世联邦理工学院客座教授。教育部计算机学科教指委委员,科技委委员；国家自然科学基金委信息科学部计算机科学专家评审组成员，国际社会神经科学中国分会副主席。
黄胜友，华中科技大学物理学院教授，1998年获武汉大学物理学学士学位，2003年获武汉大学理学博士学位，长期从事计算生物物理和生物信息学方面的研究，已发表SCI论文70余篇，文章累计他引2000余次。获全国百篇优秀博士论文、中国大学生“五四”奖、湖北省自然科学一等奖等。
蓝勋，2005年毕业于中国海洋大学，2012年获俄亥俄州立大学生物医学博士学位。毕业后先后于芝加哥大学和斯坦福大学进行博后研究。2017年起任清华大学医学院助理教授。在博后期间，为演化遗传学中的重要问题之一——复制基因如何存活，提出了一个新的理论模型，即基因表达剂量均衡模型。到清华后，实验室用计算和实验的方法研究癌细胞演化的免疫逃避机制，以期找到个体癌症免疫疗法反应差异的原因，增强免疫细胞对癌细胞的敏感性和特异性，进一步提高免疫疗法的疗效。
涂仕奎，特别研究员，上海交通大学计算机科学与工程系，任电子信息与电气工程学院认知机器和计算健康研究中心学术秘书。2006年于北京大学获本科学位，2012年在香港中文大学获博士学位，2012年11月-2017年1月间，任美国麻省大学博士后，跟随美国麻省大学医学院的翁志萍教授和诺贝尔奖得主克雷格梅洛教授进行研究。主要研究方向包括机器学习、生物信息学等，发表论文30余篇，顶级期刊多篇，其中在《自然》1篇，《细胞》3篇。
王勇，中国科学院数学与系统科学研究院应用数学所研究员, 国家优秀青年基金获得者。1999 年从内蒙古大学数学系的数学物理专业本科学位，2002 年从大连理工大学应用数学系获得运筹学与控制论硕士学位，2005年从中国科学院数学与系统科学研究院获得运筹学与控制论专业的理学博士学位。曾先后到日本大阪产业大学电子情报通信系,波士顿大学生物信息学中心, 日本产业技术综合研究所计算生物研究中心和斯坦福大学统计系从事访问研究。他目前的研究兴趣是最优化理论与算法和生物医学大数据建模。
徐辉雄，影像医学及介入医学专家。同济大学教授、主任医师、博士生导师。同济大学附属第十人民医院副院长、同济大学附属第十人民医院超声医学科主任、同济大学医学院超声医学研究所所长、上海市甲状腺疾病研究中心副主任。
尤著宏，中科院新疆理化技术研究所研究员、国科大博士生导师，国家自然科学基金优秀青年基金获得者。2010年12月于中国科学技术大学获模式识别博士学位；2008年6月-2009年12月在美国康奈尔大学从事联合培养学习；2013年-2016年先后在同济大学、香港理工大学从事博士后研究。主持或完成国家自然科学基金项目4项，博士后基金项目1项。
张强锋，清华大学生命科学学院、清华大学－北京大学生命联合中心研究员，博士生导师。2000年毕业于中国科学技术大学少年班，2006年获得中国科学技术大学计算机博士学位，2012年获得美国哥伦比亚大学生物化学和分子生物物理博士学位。
张彦春， 澳大利亚维多利亚大学教授, 复旦大学兼职特聘教授及社会计算及电子健康实验室主任。其研究领域包括社会计算和电子健康，大数据与数据挖掘、算法与应用研究。在这些领域发表国际期刊论文和国际学术会议文章300多篇， 其中多篇发表在国级顶级杂志和会议。
张勇，同济大学生命科学与技术学院教授。研究工作针对高通量生物学数据，结合生物信息学方法发展与深度数据分析，研究细胞命运决定过程中的表观遗传信息建立及预编程机制。获得国家自然科学基金委优秀青年科学基金项目（2013年）、中组部“青年拔尖人才”（2015年）、中国干细胞学会“干细胞青年研究员奖”（2016年）、上海市优秀学科带头人（2017年）、教育部“青年长江学者”（2018年）等。 (张钦虎)
